На островах несколько национальных парков. Они позволяют познакомиться с основными природными достопримечательностями и просто хорошо провести время. Национальный морской парк организован на основе нескольких прибрежных территорий и акваторий островов Сент-Анн, Серф и Мойенн; здесь охраняются подводные коралловые ландшафты. Упоминавшийся огромный атолл Альдабра превращен в заповедник для сохранения гигантских морских черепах, а также колонии фрегатов. Майская долина на острове Праслен объявлена национальным парком, именно здесь расположена знаменитая заповедная роща удивительных сейшельских пальм. На островке Кузен организован орнитологический заповедник для сохранения эндемичных пернатых обитателей островов.